مقایسه کار آیی روش استخراجی فنل کلرو فرم سلیکا با روش گوانیدین تیوسیانات سیلیکا در بازیابی DNA از بقایای اسکلتی مقالة

زمینه و هدف: تست های DNA Typing نقش بسیار مهمی در تعیین هویت اجساد و شناسایی قربانیان بلایای دسته جمعی و اجساد سربازان جنگی دارند. به دست آوردن DNA با وزن مولکولی مناسب برای انجام آزمایشات DNA Typing در اجساد سوخته، اجسادی که مدتی طولانی از مرگ آنها گذشته یا مدتی در آب غوطه ور بوده اند به علت تجزیه DNA با مشکلات زیادی همراه می باشد. هدف از این بررسی، مقایسه و ارزیابی دو روش استخراجی مختلف به نام های فنل - کلروفرم سیلیکا و گوانیدین تیوسیانات سیلیکا به منظور بررسی DNA استخوان های قدیمی می باشد. روش بررسی: از بیست نمونه استخوانی از اجساد مجهول الهویه که به طور تصادفی انتخاب شده بودند و به طور میانگین هشت سال از زمان مرگ آنها می گذشت، با استفاده از روشهای فنل کلروفرم سیلیکا و گوانیدین تیوسیانات سیلیکا، مولکول DNA استخراج گردید. کمیت DNA با استفاده از روش اسپکتروفتومتری تعیین شد. سپس DNA استخراج شده درهشت منطقه پلی مورفیک کوتاه تکرار شونده متوالی (STRs)به نام های CD4, vWA, LPL, D5S818, D16S539, D13S317, F13, FES در واکنش زنجیره ای پلیمرازی (PCR) تکثیر گردید. نرخ موفقیت در انجام DNA پروفایلینگ نمونه ها، به وسیله محاسبه تعداد آلل های قابل شماره گذاری بر روی ژل اکریل آمید بعد از الکتروفورز در هر مورد اندازه گیری شد. یافته ها: میزان DNA استخراج شده و میزان خلوص آن بوسیله روش فنل - کلروفرم به طور متوسط به ترتیب 256.27 میکروگرم بر میلی لیتر و 1.07 به دست آمد؛ در مقایسه، غلظت و میزان خلوص DNA استخراج شده با روش گوانیدین - تیوسیانات به طور متوسط به ترتیب 170.86 میکروگرم بر میلی لیتر و 0.94 به دست آمد. نتایج ما بر اساس نرخ موفقیت کلی تکثیر در واکنش PCR در هشت منطقه STRs اشاره شده در بالا نشان می دهد که روش فنل کلروفرم (76%) نسبت به روش گوانیدین تیوسیانات سیلیکا (64%) کارآتر می باشد. نتیجه گیری: هرچند روش فنل کلروفرم سیلیکا نتایج بهتری را نسبت به روش گوانیدین تیوسیانات سیلیکا در STR Typing از نمونه های استخوان تجزیه شده ارایه می دهد، ولیکن ما استفاده همزمان از هر دو روش را در آنالیز بافت های استخوان قدیمی برای بهبود تفسیر نتایج پیشنهاد می کنیم.

"متوسط میزان DNA حاصل‌ از روش گواندیدین تیوسیانات سیلیکا 86/170 میکروگرم بر میلی‌لیتر و (به تصویر صفحه مراجعه شود) نمودار1-نرخ موفقیت تکثیر DNA استخراج شده با دو روش فنل کلروفرم سیلیکا و گوانیدین تیوسیانات‌ سیلیکا در 8 منطقه STR میزان متوسط خلوص آن 94/0 می‌باشد(جدول 1). همانطور که در نمودار 1 مشاهده می‌شود،نرخ موفقیت در تکثیر DNA استخراج شده از بیست نمونه استخوانی با روش استخراجی‌ فنل کلروفرم سیلیکا در هشت منطقه پلی مورفیک، F13,D13S317, D16S539,D5S818,LPL,vWA,CD4 و FES به ترتیب 70، 75،70،70،85،75،85 و 75 درصد می‌باشد؛و با روش استخراجی‌ گوانیدین تیوسیانات سیلیکا به ترتیب 55،35،65،45،95،90،65 و 65 درصد می‌باشد. این در حالی است که Davoren و همکارانش با مقایسه دو روش فنل کلروفرم و گوانیدین تیوسیانات که بر روی بیست نمونه (به تصویر صفحه مراجعه شود) تصویر 4-نتایج تکثیر DNA استخراج شده نمونه‌های 5 و 11 با دو روش فنل کلروفرم سیلیکا( Ph- (Ch و گوانیدین تیوسیانات سیلیکا (GuSCN) در منطقه پلی مورفیک D13S317 استخوان انجام دادند،اعلام نمودند که روش گوانیدین تیوسیانات‌ نسبت به روش فنل کلروفرم نتایج بهتری را نشان می‌دهد14. نتیجه‌گیری هرچند روش فنل کلروفرم سیلیکا نتایج بهتری را در رابطه با STR Typing از نمونه‌های تجزیه شده اسکلتی نسبت به روش‌ گوانیدین تیوسیانات سیلیکا نشان می‌دهد،و لیکن با توجه به یافته‌ها و نتایج حاصله به کلیه آزمایشگاه‌هایی که در زمینه DNA Typing از بقایای اسکلتی بویژه استخوانهای قدیمی فعالیت دارند توصیه می‌شود برای نیل به نتایج قطعی‌تر و تفسیر بهتر نتایج از هر دو روش فنل‌ کلروفرم سیلیکا و گوانیدین تیوسیانات سیلیکا برای استخراج DNA استفاده نمایند."