تعود جذور التیارات التکفیریه فی افغانستان الی القرن الماضی؛ حینما استغل ملک البلاد العناصر السلفیه انذاک الذین کانوا اتباع المدرسه المولویه المنتمین للبلاط او منفذی اوامر البلاط فهولاء کانوا خریجی المدرسه الدیوبندیه بالهند. لما وجد عبد الرحمن الملک افکارهم التکفیریه تتماشی مع نوایاه صاغ رساله تکفیریه ضد الشیعه فی افغانستان حیث استنفر فیها اهل السنه ضدهم ما نتج عن ارتکاب جرايم فظیعه یتجاوز وصفها مقالا واحدا؛ من الاباده الجماعیه،والاغتصاب وسبی الشیعه، واخذ النساء والبنات کغنیمه حربیه وبیعهن للبشتون، والتمثیل باجساد القتلی والاسری، فهی کانت نبذه عن جرايم العناصر التکفیریه التابعه لعبد الرحمن.
یعد التیار التکفیری للطالبان التیار التکفیری الثانی فی افغانستان والذی یعتبر التیار التکفیری المنظم الوحید فی العصر الحدیث. ترجع النشاه الفکریه للطالبان الی المدرسه الدیوبندیه بینما اتخذت الافکار التکفیریه لدیها من رویه الجماعه السیاسیه المتطرفه للدیوبندیه کجمعیه علماء الاسلام، وجماعه جند الصحابه، وجماعه عسکر الجهنغوی، و... والتی مليت بالفکر الوهابی.
حکم تیار الطالبان التکفیری بالکفر علی معارضیه منها الشیعه فی افغانستان فارتکبت جرايم کثیره من القتل الجماعی والاغتیالات والمثله بالاجساد و... ضدهم.