"انجام پژوهش‌های بنیادی و مطالعات تطبیقی درباره ادیان و مذاهب و فراهم آوردن زمینه آشنایی اصولی حوزویان و دانشمندان ادیان دیگر با دین و فرهنگ‌های موجود در دنیا و ایجاد فضایی عالمانه و خردورزانه میان این حوزه و حوزه‌های موجود در جهان اهدافی است که بخش‌های گوناگون این مرکز در پی تحقق آن هستند.
محمد صادق ابوطالبی،مدیر اطلاع رسانی،منابع موجود در کتابخانه مرکز را کامل‌ترین مجموعه موجود برای تحقیق و پژوهش درباره ادیان و مذاهب توصیف می‌کند و موضوعات کلی آن را به این ترتیب شرح می‌دهد:فلسفه دین، تفاسیر متون مقدس،هندوئیسم و ادیان هندی،بودیسم و ادیان خاور دور،مجموعه‌ای از برترین دایرة المعارف‌های دنیا مثل جوداییکا،بریتانیکا، راتلیج،هستنیگز(دین و اخلاق)،الیاد(دایرة المعارف دین)،بودیسم،هندوئیسم،دایرة المعارف فلسفه، دایرة المعارف الهیات،مجموعه کتاب‌هایی درباره عرفان،شیعه،معتزله،مشاعره،ماتریدیه،زیدیه، ملل و نحل،روشنفکران جدید جهان عرب،وهابیت، شیخیه،تاریخ فلسفه و فلسفه،تاریخ تمدن،فقه اهل سنت و احادیث اهل سنت."
(
, 
, 
)
